Pepsin là một trong những enzyme được phát hiện đầu tiên. Nó đã được phát hiện bởi nhà tế bào học, mô học, sinh lý học người Đức Theodor Schwann vào năm 1836. Ông đặt tên enzym này theo tiếng Hy Lạp của từ πέψις pepsis, có nghĩa là "tiêu hóa" (chữ πέπτειν peptein từ chữ "digest").[4][5][6][7] Trong khoảng thời gian này, các nhà khoa học bắt đầu khám phá ra nhiều hợp chất sinh hóa mới có một ý nghĩa quan trọng trong quá trình sinh học, và pepsin là một trong số đó. Một chất có tính axit chuyển đổi thức ăn dạng nitơ dựa vào vật liệu hòa tan trong nước được xác định là pepsin.[8].

Năm 1928, pepsin đã trở thành một trong những enzyme đầu tiên được kết tinh protein khi John H. Northrop tinh nó sử dụng để lọc máu,lọc nước và làm mát[9]